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Text File  |  1995-03-04  |  1.2 KB  |  28 lines
  1. **************************
  2. * DnaA protein signature *
  3. **************************
  4.  
  5. The bacterial  dnaA  protein [1,2,3] plays an important role in the initiation
  6. and regulation  of  chromosomal  replication.  DnaA is an ATP- and DNA-binding
  7. protein.  It binds specifically to 9 bp nucleotide repeats known as DnaA boxes
  8. which are found in the chromosome origin of replication (oriC).
  9.  
  10. DnaA is  a  protein  of  about  50 Kd that contains two conserved regions: the
  11. first one is located in the N-terminal half and corresponds to the ATP-binding
  12. domain; the  second is located in the C-terminal half and could be involved in
  13. DNA-binding.  We have used the most conserved part of the putative DNA-binding
  14. domain as a signature pattern.
  15.  
  16. -Consensus pattern: I-G-x(2)-[LIVMF]-[SG]-G-[KR]-x-H-[ST]-T-[LIVM](2)-x-[SA]-
  17.                     x(2)-[KR]-[LIVM]
  18. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  19. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  20. -Last update: June 1994 / First entry.
  21.  
  22. [ 1] Skarstad K., Boye E.
  23.      Biochim. Biophys. Acta 1217:111-130(1994).
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  27.      Trends Genet. 5:319-321(1989).
  28.